Historia Mazowieckiego Szpitala Wojewódzkiego im. św. Jana Pawła II w Siedlcach Sp. z o.o. sięga roku 1975. Z myślą o potrzebach mieszkańców regionu powołany został wówczas Wojewódzki Szpital Zespolony. Stanowisko dyrektora objął Zenon Zaorski. W 1983 r. powołano Wojewódzki Szpital w Budowie, którego dyrektorem ds. inwestycyjnych został Mirosław Niesiołowski.

W 1985 r. utworzono samodzielną jednostkę organizacyjną i budżetową – Wojewódzki Zespół Metodyczny Opieki Zdrowotnej i Pomocy Społecznej w Siedlcach. Powierzono jej funkcję Dyrekcji Wojewódzkiego Szpitala w Siedlcach. Dyrektorem została Barbara Pietrych, dyrektorem ds. inwestycyjnych: Mirosław Niesiołowski, a dyrektorem ds. ekonomiczno-eksploatacyjnych: Andrzej Zaliwski. Dwa lata później, w 1987 roku, zarządzeniem Wojewody, utworzono Szpital Wojewódzki, w skład którego weszły pierwsze wojewódzkie przychodnie: Matki i Dziecka, Przemysłowa, Rehabilitacyjna, Reumatologiczna, Skórno-Wenerologiczna, Sportowo-Lekarska i Stomatologiczna. 1 kwietnia 1987 r. na stanowisko dyrektora powołano Marię Gromek Mamcarz, która sprawowała tę funkcję do 31 grudnia 1991 r. Dyrektorem ds. lecznictwa został Jerzy Bernatowicz, dyrektorem ds. ekonomiczno-eksploatacyjnych Marian Głowacki, a naczelną pielęgniarką Anna Kur.

W 1992 r. zmienia się skład zarządu szpitala. Stanowisko Dyrektora obejmuje Dorota Gałczyńska-Zych, dyrektora ds. lecznictwa Henryk Komoń.

Kolejne lata to dynamiczny rozwój Szpitala i dążenie do podnoszenia jakości świadczonych usług. Od tej pory systematycznie wzrasta liczba oddziałów, powstaje wiele specjalistycznych poradni, pracowni i przychodni. Wszystkie działania mają na celu ułatwienie dostępu do profesjonalnych usług medycznych i zwiększenie komfortu pobytu pacjentów w szpitalu. W 1988 r. została otwarta Pracownia Diagnostyki Obrazowej, 3 lata później – w 1991 r. – Pracownia Diagnostyki Laboratoryjnej. Lata 1993-1995 przynoszą uruchomienie Pracowni RTG i nowych oddziałów: Dializ, Dziecięcego, Kardiologicznego, Chorób Wewnętrznych, Neurologicznego, Onkologicznego, Anestezjologii i Intensywnej Terapii, Ortopedyczno-Urazowego. Od roku 1996 pacjenci mogli korzystać z kolejnych oddziałów: Urologicznego i Chirurgii Ogólnej, a od 1997 – Laryngologicznego.

Następne lata to kolejne zmiany na szczeblu organizacyjnym i poszerzanie zakresu działalności. W 1998 r. Szpital Wojewódzki w Budowie przekształcono w Samodzielny Specjalistyczny Szpital Wojewódzki, a w 2002 zmieniono jego nazwę na Wojewódzki Szpital Specjalistyczny w Siedlcach.

Od 1998 r. powstawały kolejne oddziały: Położniczo-Ginekologiczny, Noworodków i Wcześniaków, Chirurgii Dziecięcej, Oddział Okulistyczny (1999 r.), Oddział Rehabilitacji (2000 r.). W 1999 r. działalność rozpoczęła Szkoła Promocji Zdrowia. Jej głównym zadaniem stało się upowszechnianie wiedzy na temat prozdrowotnego stylu życia wśród młodzieży. Rok 2003 zaowocował otwarciem Szpitalnego Oddziału Ratunkowego, ale przede wszystkim wdrożeniem Systemu Zarządzania Jakością. Efektem podjętych starań i działań było otrzymanie w maju 2004 r. Certyfikatu ISO 9001:2000.

Od lutego 2006 r. Wojewódzkim Szpitalem Specjalistycznym kieruje nowo powołana dyrekcja. Stanowisko dyrektora powierzono Wojciechowi Kaszyńskiemu. Dyrektorem ds. lecznictwa został Dariusz Rembisz, ds. eksploatacji Dariusz Młynarczyk, ds. ekonomicznych Waldemar Matusz, a naczelną pielęgniarką Anna Garucka. Nowe kierownictwo kontynuuje dążenia Szpitala do wzrostu znaczenia placówki w regionie, pozyskuje środki na rozszerzenie działalności i podnoszenie jakości świadczonych usług. W kwietniu 2006 r. otwarto nową Pracownię Rezonansu Magnetycznego, a w maju – Ośrodek Kardiologii Inwazyjnej. W październiku 2006 r. rozszerzono kompetencje oddziałów, tworząc Oddział Chorób Wewnętrznych i Gastroenterologii, Oddział Neurologiczny z Pododdiałem Udarowym oraz Oddział Rehabilitacij z Ośrodkiem Rehabilitacji Dziennej.

Rok 2007 przyniósł rozszerzenie oferty szpitala m.in. o usługi z zakresu podstawowej opieki zdrowotnej. Otwarto Przychodnię Medycyny Rodzinnej OMEGA. W tym roku włączono szpital do programu telemedycyny ratunkowej LIFENET, zakupiono nowy sprzęt diagnostyczny (m.in. mammograf, 2 aparaty RTG, urzadzenie do radiologii cyfrowej, system ciagłego prowadzenia terapii nerkozastępczych i leczniczej wymiany osocza).

W latach 2008-2009 rozpoczęło działalność wieloprofilowe laboratorium mikrobiologiczne. Zakończono budowę lądowiska dla helikopterów, przeprowadzono remont Zakładu Diagnostyki Laboratoryjnej oraz zakończono modernizację bloku operacyjnego. Nowy Blok Operacyjny służy pacjentom wymagającym interwencji ratującej życie i zdrowie. Zmodernizowane sale operacyjne oraz pomieszczenia im towarzyszące prezentują europejski standard i spełniają wymagania Rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 10 listopada 2006 r.

1 czerwca 2010 r. powołano Likwidatora Wojewódzkiego Szpitala Specjalistycznego w Siedlcach – Mariana Czajkowskiego.

Od 1 stycznia 2011 r. dawny Wojewódzki Szpital Specjalistyczny funkcjonuje już jako Mazowiecki Szpital Wojewódzki w Siedlcach Sp. z o.o. i prowadzi działalnośc medyczną w ramach Siedleckiego Szpitala Specjalistycznego i Zespołu Lecznictwa Ambulatoryjnego. Prezesem Zarządu Spółki do dnia 15.11.2012 r. był Wojciech Kaszyński. Z dniem 15.11.2012 r. na Prezesa Zarządu Mazowieckiego Szpitala Wojewódzkiego w Siedlcach Sp. z o.o. powołano Marcina Kulickiego.

17 kwietnia 2018 roku Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników społki na wniosek Zarządu Mazowieckiego Szpitala Wojewódzkiego w Siedlcach Sp. z o.o. podjęło decyzję w sprawie nadania imienia św. Jana Pawła II naszemu Szpitalowi. 18 maja 2018 roku odbyła się uroczystość z tej okazji.

Z dniem 1 października 2018 roku w wyniku procesu połączenia spółek Mazowiecki Szpital im. dr. Teodora Dunina w Rudce sp. z o.o. wszedł w strukturę Mazowieckiego Szpitala Wojewódzkiego im. św. Jana Pawła II w Siedlcach Sp. z o.o. Aktualnie Spółka Mazowiecki Szpital Wojewódzki im. św. Jana Pawła II w Siedlcach Sp. z o.o. obejmuje dwie lokalizacje: Siedlce, ul. Poniatowskiego 26 i Rudka, Aleja Teodora Dunina 1.